События фильма разворачиваются в Петрограде в 20-ые годы XX века. Трофим и Софья — рабочая семья, переживающая, что у них нет детей. Когда их сосед-столяр умирает, супруги решают взять на воспитание его осиротевшую тринадцатилетнюю дочь Ганьку. Спустя недолгое время ушлая девица Ганька становится любовницей своего приемного отца. Об этом узнает Софья. «Зверь, выходящий из моря» — экранизация рассказа «Наводнение» Евгения Замятина.