Темнее черного, 1-й сезон

По заданию «Организации» Хэй внедряется в исследовательский центр Пандора. Ему требуется вернуть объект, именуемый «осколок метеорита». По пути в институт он знакомится со студенткой Токийского университета Кориной. Она не проходит проверки безопасности и её уводят в неизвестном направлении. В институте Хэй вступает в контакт с другим агентом «Организации» — Миной Кандар Свами, однако она почти ничем не может помочь в поисках, также он знакомится с одним из учёных Ником, разделяющим увлечение Хэя телескопами и звёздами. Спустя некоторое время Хэй встречает Корину, она явно сходит с ума — слышит голоса, общается с умершими людьми… Вскоре её убивает неизвестный контрактор, а служба безопасности выясняет, что она работала на ЦРУ, но хотела вернуть осколок метеорита. Вскоре после этого Хэй участвует в эксперименте: в зону аномалии направляют радиоуправляемого робота с камерой, а работники института должны фиксировать возникающие ощущения. Камера робота находит на территории аномалии украденный «осколок метеорита», а Хэй видит свою пропавшую сестру. 

Ник в составе группы исследователей отправляется на территорию аномалии за осколком. Группа погибает — в живых остаётся только он сам. Мина делится с Хэем своими подозрениями — она считает, что Ник — контрактор, который убил свою группу. Ночью Ник проникает в аномальную зону, чтобы вернуть осколок. Его, по заданию «Организации», преследует глава службы безопасности и Хэй. Вскоре Ник убивает первого преследователя и начинает бой с Хэем. 

Два агента ФСБ прибывают в Токио с заданием получить информацию об «Организации». Они убивают одного из выследивших их агентов и захватывают духа-наблюдателя Инь, из-за чего она теряет память и начинает бессмысленно бродить по улицам. Тем временем Куросава Гай и Кико получают задание разыскать Инь от её бывшего учителя музыки Эриса. Случайно Кико встречает Инь на улице. Агенты ФСБ заманивают Инь в ловушку, привлекая её собственным духом-наблюдателем. Хэй и Мао пытаются её спасти. В суматохе Эрис, Куросава Гай и Кико увозят Инь. Они решают спрятать её на горячих источниках. 

Агенты ФСБ выслеживают Инь. Эрис пытается спрятать её в заброшенном здании. Хэй и Хуан убивают агентов ФСБ. Инь отказывается ехать с Эрисом и остаётся в группе Хэя. 

Апрель случайно встречает на улице Амбер. Она успевает оставить сообщение об этом Ноябрю 11, прежде чем машина с ней внутри взрывается. Члены ИПР крадут у MI6 осколок метеорита и устраивают серию взырвов в штаб-квартирах английской разведки в Токио. Позже взрыв раздаётся в токийской штаб-квартире ЦРУ и посольстве Китая. Хэй встречается с Ноябрём 11, от которого узнаёт, что Амбер в Токио. Маки и Амагири нападают на Ноября 11. 

Амбер похищает Инь, чтобы встретиться с Хэем. Маки и Амагири захватывают Ноября 11 и предлагают ему присоединиться к ИПР. Джек отказывается, а Мисаки с отрядом спецназа освобождает его. Хуан, по приказу «Организации», пытается не пустить Хэя на встречу с Амбер, однако тот сбегает. По пути Маки пытается остановить Хэя, в бой вмешивается Ноябрь 11 и Июль. Вместе они убивают Маки. Хэй встречается с Амбер, она делает ему предложение присоединиться к ИПР. 

Хэй знакомится с Кэндзи из клана якудза Накадзава. Его старший брат выполняет заказ по доставке в Японию «кукол». Добыть одну из них — задание Хэя. Именно Кэндзи поручают заботиться о ней. Пытаясь спасти «куклу» от продажи, Кэндзи похищает её и прячется в квартире Хэя. 

Хэй и Инь пытаются помочь Кэндзи сбежать, однако он вновь попадает в руки якудза. Дух-наблюдатель похищенной куклы помогает Хэю найти место, где их держат. Старший брат Кэндзи отпускает их, а его самого убивают в войне кланов якудза. 

По приказу Организации Хэй внедряется в секту «Братство врат», чтобы убить её лидера Альму. Под прикрытием секты ИПР организовала сбор кукол для своих нужд. Хэй выходит в контакт с агентом Организации в секте — Сихокой. Убийство Альмы должно произойти во время её встречи с представителем ИПР. Планы срываются из-за Хуана, приказавшего Инь послать духа-наблюдателя. Хэй сбегает, а Сихоко попадает в плен. 

После провала миссии Хэй и Хуан получают новое задание: убить Альму и Сихоко. Если Хуан не сможет её убить — Мао и Хэй должны убить Хуана. Они освобождают Сихоко, а Альма умирает от старости (старение было её платой за контракт). Хуан не может убить Сихоко и Хэй предлагает им сбежать. Сихоко знает, что люди из «Организации» следят за ними и кончает жизнь самоубийством под колёсами грузовика. 

«ИПР» похищает профессора Роберта Шрёдера — известного исследователя Врат. В то же время команда Мисаки Кирихары, занимаясь расследованием серии взрывов, подозревает контракторов в подготовке нападения на посольство США. След от профессора тянется в посольство. Поставив дымовую завесу, Хэй проникает на его территорию. Внутри здания посольства Хэй сталкивается с Вей Чжи Цзюнем. Ноябрь 11 входит в контакт с ИПР. Военные части Пандоры берут посольство штурмом. 

Амбер похищает Мао. Ему и Ноябрю 11 она устраивает встречу с профессором Шрёдером, который рассказывает о планах «Организации» по уничтожению контракторов. Хэй проникает в здание, чтобы спасти Мао, а Мисаки, Апрель и Июль — чтобы спасти Ноября 11. Когда Хэй хватает Амбер за голову, чтобы убить — несколько этажей здания начинают светиться. Профессор Шрёдер понимает, что сила, подобная силе Хэя не позволила «Организации» уничтожить Врата в Южной Америке 5 лет назад. Узнав всю правду об «Организации», Ноябрь 11 убивает своего начальника Декаду и ещё нескольких агентов, однако сам получает смертельное ранение. 

«Организация», узнав о силе Хэя, принимает решение устранить его. Мисаки проводит вечер с Хэем. Один из контракторов, работающих на «Организацию», нападает на Хэя, но быстро погибает от рук Вей Чжи Цзюня. Амбер приглашает Хэя встретиться внутри Врат. Мао, Хуан и Инь решают помочь Хэю. В Токио объявляют мобилизацию. 

Профессор Шрёдер и Нисидзима рассказывают Мисаки о планах «Организации». Контракторы начинают войну на улицах Токио. У входа в аномальную зону Вэй Чжицзюнь нападает на Хэя. Хэй убивает его, а Вэй Чжицзюнь, взорвав себя, открывает проход в зону. Хуан взрывает себя в машине, когда его окружают агенты «Организации». Амагири и Брита уничтожают квантовый ускоритель Кольца Сатурна, при этом Амагири погибает. Вводится в действие второе кольцо Сатурна. Хэй и Инь встречаются во вратах с Амбер. 

Хэй отказывается использовать свою силу, чтобы уничтожить город и сделать Врата нейтральной территорией, тогда Амбер использует свою. Узнав, что он использует силу своей сестры, Хэй направляет её, чтобы преобразовать частицы в квантовом ускорителе и, тем самым, предотвратить уничтожение врат. Ёсимицу Хорай убивает Эрика Нисидзиму, чтобы свалить всю вину за инцидент на него. Мисаки арестовывает Ёсимицу Хорая.