Агент Фил Колсон набирает группу для борьбы с преступной организацией Rising Tide, одновременно сталкиваясь с новой угрозой, когда в Нью-Йорке начинают появляться сверхлюди, подопытные проекта «Сороконожка» (или «Многоножка»). Щ.И.Т. выходит на след эксцентричного борца за свободу информации Скай, которая соглашается вступить в ряды организации и в команду Колсона.
Колсон и его команда отправляются в Перу, чтобы исследовать некое устройство инопланетного происхождения, имеющее связь с Тессерактом. Между тем, новичок в команде хакерша Скай, на самом деле является также агентом Rising Tide.
Щ.И.Т. отправляется на поиски одного из своих активов, доктора Франклина Холла, который был похищен его бывшим партнером по исследованиям Иеном Куинном. Он хочет использовать Холла, чтобы взять под контроль гравитацию планеты. Скай предстоит проникнуть прямиком в особняк Куинна, чтобы команда Колсона могла спасти Холла.
Команда расследует профессиональную кражу бриллиантов и находит вора: им оказывается Акелла Амадор, бывший агент Щ.И.Т.а. Вскоре выясняется, что Акелла на самом деле лишь «оружие» в руках некой преступной организации, в том числе промышляющей похищением важной информации.
Работница проекта «Сороконожка» Рэйна выслеживает сверхчеловека, способного создавать огонь, и предлагает ему расширить свою силу и стать новым супергероем, Ожогом. Щ.И.Т. начинает разыскивать мутанта, также пытаясь ближе подобраться к проекту, создающему «супергероев». Тем временем, выясняются реальные мотивы присутствия Скай в организации и группе Колсона: сбор любой информации по некогда пропавшим родителям хакерши.
После битвы за Нью-Йорк (отраженной в фильме «Мстители») на Земле остался шлем побеждённой супергероями расы Читаури. Именно его и находят пожарные, которым от него передаётся вирус, уничтожающий людей изнутри. В ходе расследования происшествий, связанных со шлемом, носителем вируса становится один из людей Колсона.
Команда отправляется в так называемый «Штаб» Щ.И.Т.а, где Уорд и Фитц получают новое задание восьмого уровня, к которому из-за секретности не допускают Скай. Заручившись помощью Симмонс, девушка пытается выяснить все секреты миссии, попутно разыскивая информацию о своих родителях.
Эпизод, являющийся привязкой к фильму «Тор 2: Царство тьмы», где команда наводит порядок после событий фильма, а также ищет Асгардский скипетр Берсерков, оставленный на Земле.
Щ.И.Т. выслеживает Ханну Хатчинс — женщину, которая обвиняется в провоцировании нескольких взрывов в результате несдержанной силы телекинеза, которой якобы владеет. По ходу расследования выясняется, что Ханна не имеет никаких суперспособностей, а взрывы были осуществлены в результате открытой «двери» из ада в мир людей, и через эти двери в наш мир проник некий «человек-призрак». Теперь Колсону и его команде нужно разобраться в паранормальных явлениях, происходящих вокруг Ханны.
Щ.И.Т. вновь сталкивается с проектом «Сороконожка», когда Рейна вместе с недавно освобождённым из тюрьмы подельником отправляется к таинственному Ясновидящему, который может дать ключ к продолжению их экспериментов по созданию новых суперсолдат. Тем временем Колсон выходит на Майка Петерсона, который был одним из первых подопытных, но Рейна, похитив его сына, вынуждает Майка сдать Колсона «Сороконожке». Когда агент оказывается схвачен, «девушка в цветочном платье» раскрывает Колсону цель его похищения: узнать, каким образом он когда-то остался жив, хотя должен был умереть.