Доктор Эмма Коллинз вместе со своей командой проводят третье лето на острове Литтл-Хэппи, изучая влияние изменения климата на поведение больших белых акул. Но в местном атолле завелись три акулы-быка, которые проявляют повышенную агрессивность и от них пострадали уже несколько человек. Эмма переключается на этих особей, пытаясь разгадать причины их странного поведения.
«Глубокое синее море 3» — продолжение фильма ужасов об агрессивных акулах, нападающих на людей.