История начинается 28 июля 2010 года в Акихабаре. Студент Токийского университета Ринтаро Окабэ находит в здании Radio Kaikan, где проходила конференция по вопросам путешествия во времени, тело Курису Макисэ — одной из участниц — в луже крови. В панике он отсылает своему другу электронное письмо о произошедшем. Однако уже через несколько часов он сталкивается с Курису, чье спасение как-то связано с тем самым электронным письмом.
«Врата Штейна: Дежавю» (2013) — полнометражный анимационный фильм, основанный на аниме-сериале «Врата Штейна», который является адаптацией одноименной игры. Лента также известна под названием «Врата Штейна: Зона загрузки дежавю».