В основе программы — беседы патриарха московского и всея Руси Кирилла со зрителями о самых разнообразных проблемах духовной жизни: о традициях и праздниках православия, о правильном образе жизни, об истории Русской православной церкви, о событиях в мире. Телезрители задают вопросы патриарху в своих письмах и непосредственно на улицах.
С 1 февраля 2009 года формат программы изменился, теперь «Слово пастыря» не только посвящено ответам на вопросы паствы, но также включает и церковную проповедь патриарха.