Куро Хазама по прозвищу Блэк Джек — молодой гениальный хирург. Он работает без лицензии, проводит рискованные операции, но спасает безнадежных больных и получает за это огромные деньги. Он молчалив, замкнут и не общается практически ни с кем, кроме своей помощницы Пиноко. Прошлое Блэк Джека покрыто мраком, но воспоминания не отпускают хирурга. Двадцать лет назад, когда он был совсем мальчишкой, он нашел на пляже неразорвавшийся снаряд. В результате взрыва погибла мать Куро, а сам он получил страшные ранения, которые со временем превратились в многочисленные шрамы. В перерывах между операциями Блэк Джек пытается восстановить события своего детства и юности.
«Блэк Джек 21» — это продолжение сериала «Блэк Джек», которое рассказывает о юности главного героя.