Тысячу лет назад Земля была полностью уничтожена, но некий умелец, известный под именем Y, полностью восстановил ее в виде сложного заводного механизма, состоящего из множества шестеренок. На шестеренках образовались города. В одном из таких городов живет Наото Миура — любознательный старшеклассник и талантливый механик-самоучка. Он помешан на различных устройствах и технологиях и обожает легенду о создании механической планеты. Одноклассники не понимают чудака Наото и подшучивают над ним. Но жизнь юноши меняется, когда на его дом падает черный ящик, в котором оказывается механическая девушка-андроид.