Действие сериала происходит в Западной Сибири. Под землей, в аномальной зоне на глубине 10 000 метров, уже три года работает сверхсекретная лаборатория — БУНКЕР. Среди ее сотрудников внезапно обнаруживается шпион: каждый день он посылает шифрованные сигналы неизвестному адресату. Вычислить доносчика — задача руководителя лаборатории Сэма. Но вскоре ему становится не до этого: заболевает и пропадает доктор, потом исчезают еще трое его сотрудников. Кто похищает людей и придет ли помощь сверху вовремя — неизвестно. А дальше события сериала «Бункер, или Ученые под землей» начинают разворачиваются самым неожиданным образом...