Декстер убивает двоих врачей «скорой помощи», зарабатывавших деньги продажей органов своих пациентов. В торговой лавке у дороги находят внутренности продавца, а некоторое время спустя и его тело; сотрудники убойного отдела обнаруживают, что убийца по неизвестной причине (предполагают, что в качестве некоего знака) зашил в тело убитого семь змей.
Декстер решает пристроить своего сына в детский сад. Масука в качестве профессора проводит занятия будущих судмедэкспертов. Марию ЛаГуэрту повышают в звании до капитана и она переходит на новое место работы, обещая порекомендовать на должность нового начальника убойного отдела Анхеля Батисту. Декстер отправляется на встречу выпускников школы. Одного из выпускников — мужчину, убившего свою жену, он выбирает своей жертвой и убивает. В ресторан, в котором обедали Куинн и Дебра (Куинн собирался сделать девушке предложение) врывается вооружённый преступник: Дебра обезвреживает его.
Куинн делает Дебре предложение, но она отказывается выйти за него. Декстер присматривает себе новую жертву — чернокожего убийцу, избежавшего наказания, но в данный момент являющегося священником. Декстер убеждается, что тот действительно изменился и в качестве жертвы выбирает того, кто этому священнику угрожал смертью.
После общественного резонанса с происшествием в баре звание лейтенанта и должность руководителя отдела получает Дебра.
Дебра переживает о своем назначении лейтенантом и о том, что она не справится. Религиозный фанатик Тревис Маршалл держит в плену некого Нейтана. На берегу находят труп проститутки. Декстер подозревает, что убийца — маньяк «Зубной волшебник», который уже 10 лет никого не убивал. Декстер находит «Зубного волшебника» в доме престарелых и убивает его. Декстер все больше сближается с братом Сэмом — бывшим преступником, а ныне священником.
Дебра вопреки желанию капитана Лагуэрты берёт на работу в отдел нового сотрудника Майка Андерсона. Куинн и Дебра выясняют отношения, и никак не могут найти общий язык. Куинн безуспешно пытается найти утешение после разрыва с Деброй в случайных связях. Серия заканчивается тем, что на улице в Майами скачут лошади, на которых сидят куклы-всадники с пришитыми частями тела убитого Нейтана.
Убойный отдел расследует дело «четырех всадников», сотрудники считают, что в нем есть связь с библейскими сценами. Дебра произносит речь на пресс-конференции, чем завоевывает симпатию жителей Майами. Тревис Маршалл прячется в заброшенной церкви с профессором Гелларом. В теплице умирает девушка «ангел» — преступники инсценировали очередную сцену из Библии.
Полиция Майами подозревает профессора Геллара, эксперта по Книге откровений, в причастности к убийствам; профессора объявляют в розыск. Теперь большую часть работы приходится выполнять второму «зверю апокалипсиса», сообщнику Геллара — Тревису Маршаллу.
Детективы находят тетрадь с рисунками Геллара, по «сценарию» которых происходят убийства. Дебра начинает ходить на сеансы психотерапии; возвращает кольцо Куинну и снимает домик на побережье. Декстер выходит на след Тревиса и нападает на него. Но поняв, что Тревис не выполнял никакую «грязную» работу, отпускает его и начинает охотиться за Гелларом. В конце серии убивают брата Сэма.
Декстер расстроен из-за гибели брата Сэма. Он вычисляет убийцу и убивает его, вопреки предсмертной просьбе брата Сэма — простить Ника. После убийства Ника Декстер начинает видеть своего умершего брата — маньяка-«ледяного убийцу» Брайана.
Тревис и профессор Геллар держат в плену девушку, которой они уготовили роли «Вавилонской блудницы» в следующей сцене-убийстве. После долгих душевных терзаний Тревис отпускает «Вавилонскую блудницу». Дебра устраивает вечеринку по случаю своего новоселья, на которую Куинн приходит очень пьяным с какой-то девушкой. По всему видно, что он до сих пор очень сильно переживает из-за разрыва с Деб. Сестра Анхеля Джейми начинает встречаться с Луисом — интерном Масуки.
Декстер узнает, что в Небраске, где по программе защиты свидетелй живет семья маньяка Артура «Троицы», умирает жена и дочь «Троицы». Сын Артура Иона утверждает, что видел, как их убил «Троица». Но Декстер знает, что это невозможно, так как «Троица» мертв. Воображаемый Брайан уговаривает Декстера поехать в Небраску и убить Иону. Оказалось, что сестра Ионы покончила с собой из-за матери, которая была просто одержима, а Иона в состоянии аффекта и шока от смерти сестры убил мать. Декстер пожалел Иону и отпустил его. Брайан исчезает и на месте воображаемого попутчика Декстера снова появляется его отец.
Тревис уходит от профессора Геллара и живёт у сестры. Геллар преследует его и просит вернуться.
Декстер пытается заслужить доверие Тревиса, чтобы тот помог ему найти и убить профессора Геллара.
Полиция находит труп элитной проститутки, которая умерла от передозировки наркотиков. Кто-то явно присутствовал при происшествии, но не сообщил в полицию. Лагуэрта настаивает на закрытии этого дела. Полиция находит труп сестры Тревиса Маршалла в сцене «Вавилонская блудница». Декстер находит заброшенную церковь, в которой скрывается Геллар. Он находит там связанного Тревиса, который обещает помочь убить профессора.
Декстер прячет Тревиса в отеле. Он считает, что следующей жертвой Геллара станет некий профессор Кейси, убежденный атеист и ярый противник Геллара. Декстер и Тревис устраивают засаду, но всё идет не по плану. Профессора Кейси находят убитым в аудитории.
Дебра продолжает посещать сеансы психотерапии. Также она пытается распутать дело «о мертвой проститутке», которое так настойчиво хочет закрыть Лагуэрта. Декстер находит замороженный труп профессора Геллара в подвале заброшенной церкви. Оказывается, всё это время профессор был мертв, а все преступления совершал Тревис, у которого явное психическое расстройство. Теперь Тревис знает, что Декстеру всё известно. Сестра Анхеля, Джейми, приходит в гости к интерну Масуки — Луису. У него дома — протез руки с разноцветными ногтями, который исчез из хранилища улик в полиции. Протез фигурировал как улика в деле «ледяного убийцы» — Брайана Мозера
Тревис ищет новых сообщников и находит их в лице Стива Дорси и его жены Бэт. Все вместе они нападают на девушку, которую Тревис отпустил в одной из предыдущих серий, и убивают её.
Дебра узнаёт, что человеком, который замешан в деле «мертвой проститутки», является заместитель начальника полиции Метьюз. Он пытался оказать погибшей девушке первую помощь, но оказался бессилен и скрылся с места происшествия, дабы не запятнать свою репутацию. Декстер выслеживает яхту, на которой Тревис с сообщниками убил девушку, и убивает там Стива Дорси. В это время Анхель Батиста приходит домой к Дорси, там на него нападает Тревис.
Декстер анонимно вызывает полицию к месту причаливания яхты. Куинн добирается до дома Дорси, где обнаруживает в горящей комнате связанного Анхеля: он спасает напарника, но Тревису удаётся скрыться.
Бэт Дорси предпринимает неудачную попытку теракта в полицейском участке: дождавшись прибытия туда Дебры, она пытается распылить смертоносный газ, но узнавший Бэт Декстер вовремя изолирует девушку в комнате для допросов, где она сама гибнет. Дебра встречается с Метьюзом и после долгих размышлений обещает ему всё же замять дело об умершей проститутке. Однако вскоре выясняется, что об этом случае уже знает глава полиции; Метьюз обвиняет Дебру, но та считает, что о случае руководству намеренно доложила Лагуэрта.
Психолог, с которой Дебра общалась последнее время, делает предположение, что та, возможно, влюблена в Декстера; оскорблённая Дебра обещает больше никогда не приходить на сеансы. Декстер предпринимает неудачную попытку схватить Тревиса (не вовремя теряет сознание из-за попавшего в организм ядовитого газа), и сам оказывается пойманным. Тревис оставляет его в лодке с горючими материалами и зажигает вокруг лодки ритуальный костёр в форме круга. Лодка взрывается. Продержавшись некоторое время под водой, Декстеру удаётся выжить.
Декстеру удаётся продержаться на обломках лодки до тех пор, пока мимо него не проплывает судно, которое его и подбирает. Батиста заявляет Куинну, что не доверяет ему и больше не желает с ним работать.
Полиции удаётся установить, что Тревис собирается совершить жертвоприношение на крыше высокого здания и посылает своих людей на каждый из небоскрёбов. Тревис похищает сына Декстера и, убив полицейского на крыше, собирается принести его в жертву. Декстер с помощью найденного рисунка Тревиса догадывается, где именно это должно произойти, и прибывает туда. Он обезвреживает Тревиса и спасает сына. Не получив вовремя сигнала с небоскрёба, туда направляются другие полицейские, но обнаруживают только труп коллеги.
Дебра просит Декстера попытаться найти новые улики в заброшенной церкви. Сезон заканчивается тем, что, решив признаться Декстеру в любви, Дебра сама отправляется в заброшенную церковь и становится свидетелем того, как Декстер убивает там Тревиса.