Действие фильма происходит в 20-ые годы XX века в небольшом городке на юге США. В центре сюжета — суд над школьным учителем Бертрамом Кейтсом, который нарушил «Акт Батлера», запрещающий преподавать в школах дарвиновскую теорию происхождения человека. Суд вызвал большой общественный резонанс. Защищать учителя берется прославленный адвокат Генри Драммонд. Он привлекает к делу ученых и биологов, чтобы те доказали превосходство дарвиновской теории над теологической. «Пожнешь бурю» — экранизация одноименной пьесы Джерома Лоуренса и Роберта Эдвина Ли, основанной на реальных событиях.