Шестиклассники Биологической станции Алиса и Пашка выбирают себе дипломные задания на лето. Алиса собирается посетить подводное кладбище затонувших японских кораблей, потопленных американскими ВМС в начале 1944 года, а Пашка, весь в романтических мечтах о затонувших с кораблями сокровищах, вызывается составить ей компанию. Ребята прилетают на тихоокеанский остров Яп и решают вместе отправиться на поиски затонувших сокровищ. Фильм «Узники Ямагири-Мару» снят по повести Кира Булычёва из цикла «Приключения Алисы».