2415 год. Прошло уже 400 лет после того, как вирус убил 99 процентов населения Земли. Люди, которые смогли выжить после эпидемии, теперь живут в городе Брегна, который отгорожен от зараженной части пространства стеной. Эон Флакс — загадочная наемная убийца, работающая на подпольную группу мятежников, которой управляет Хэндлер. Она получает задание убить Тревора Гудчайлда — члена совета руководителей города Брегна. Но после того, как ее сестру Уну убивают правительственные агенты, Эон решает ослушаться приказа и защитить Тревора. Она подозревает брата Тревора и других членов совета в сговоре против него.
Сюжет «Эон Флакс» основан одноименном мультсериале, который показывался на MTV в 1995 году. Главную роль в фильме исполнила Шарлиз Терон.