Во время неофициального визита на Кипр из гостиницы был похищен министр обороны Турции. Так как подозреваемые — пятеро россиян с двойным гражданством, за расследование берется подполковник ФСБ Николай Турбин. В процессе работы над делом он арестовывает четверых преступников — одному удается улизнуть. Вскоре находится подтверждение тому, что у всех задержанных действительно есть второе гражданство.
Сериал «Фальшивый флаг» — это российская версия популярной израильской многосерийной драмы «Под чужим флагом», вышедшей в 2015 году.