В центре событий — агенты ФБР и ЦРУ, которые объединяют усилия в борьбе с растущей террористической угрозой со стороны Усамы бен Ладена и «Аль-Каиды». Однако вскоре ведомства начинают соперничать друг с другом, что в итоге приводит к трагедии 11 сентября и войне в Ираке.
Сериал «Призрачная башня» снят по мотивам книги Лоуренса Райта The Looming Tower: Al-Qaeda and the Road to 9/11, отмеченной Пулитцеровской премией за нехудожественную литературу.