Сериал рассказывает о Ярославском восстании 1918 года, когда белогвардейский Союз защиты Родины и свободы Бориса Савинкова поднял вооруженное восстание против большевиков. В центре сюжета «Мятежа» — судьба купеческой дочери Лизы, от ее 18-летия в 1914 году до 1921 года, когда она была арестована ЧК. На допросе она и вспоминает историю Ярославского восстания — так, как она его видела.