Документальный сериал посвящен неизвестным страницам истории блокадного Ленинграда. Город, осажденный врагом, подвергался постоянным провокациям фашистов. Специальные службы всеми способами старались не допустить народных волнений, пресекая все попытки, которые предпринимали шпионы, чтобы нарушить порядок в городе. В сериале «Блокада. Тайны НКВД» использованы кадры кинохроники, редкие архивные фотографии, интервью с ветеранами специальных служб, воспоминания участников Великой Отечественной войны, освобождавших город, и жителей блокадного Ленинграда.