По обвинению в убийстве полицейского девушку по имени Никита суд приговаривает к пожизненному заключению. Вскоре после суда её вербует Первый отдел — секретная контртеррористическая организация. Никита становится оперативным сотрудником Первого отдела. Для всего остального мира она мертва, во все официальные документы внесена информация, что она покончила с собой с помощью транквилизаторов.
Никита вынуждена учиться принятым в Первом отделе безжалостным методам работы. За ослушание или ошибку ей грозит смерть. Очень трудно остаться человеком в железных стенах этого заведения, оснащённого по последнему слову техники, где одна задача — быть холодным агентом, который должен следовать безжалостным приказам. Эта борьба Никиты за свои внутренние моральные принципы составляет основную сюжетную линию сериала.