Сериал «Ковчег» описывает фантастическую историю, в которой после мирового катаклизма на планете исчезает суша. В это время в океане плавает учебное судно «Полярная звезда», где остались выжившие в катаклизме люди. На судне организована плавучая школа будущих моряков, поэтому, кроме основной команды, на корабле находятся совсем юные матросы и их преподаватели. В каждой серии команда борется с невероятными последствиями мировой катастрофы — это сильнейший шторм, стая агрессивных и одичавших птиц, падающие самолеты, морские чудовища. А среди этого безумия в самом экипаже зреет бунт против капитана.