В результате происшествия на уникальном исследовательском объекте небо Земли превращается в психоделическое зеркало, отражающее жизнь цивилизации, ставшей бледной тенью прежнего мира. Жизненный уклад человечества пытаются обустроить несколько фракций, каждую из которых представляют яркие и запоминающиеся герои. Основная сюжетная линия аниме-сериала «Гильгамеш» опирается на древнешумерский «Эпос о Гильгамеше», а также на различные научные и археологические знания.