После назначения нового священника в селе Чадар начали исчезать люди. Для расследования инцидента и для ареста священника туда был послан отряд полиции, но все были убиты. Затем из Лондона был послан спецотряд Д-11, который обнаружил, что деревня захвачена зомби. Из отряда Д-11 спасается только одна девушка Виктория Серас, но и она становится вампиром… по доброй воле, благодаря Алукарду, который избавляет село от священника-вампира.
Виктория не может привыкнуть, что она вампир. Она не может днем ходить по городу, спит в гробу днем и не может прикасаться к серебру. Но самое страшное, ей необходимо пить кровь. Новое задание для Алукарда и Виктории нейтрализовать парочку бесшабашных вампиров, которые бесконтрольно убивают людей.
В Англию прибывает католический священник-воин отец Андерсен из 13 отдела Инквизиции (организация Искариот) для борьбы с новой генерацией вампиров, у которых обнаруживают чипы. Католики и протестанты, на которых работает Алукард, давние враги. Во время охоты на преступного вампира Энди Кастиполетти священник-воин ранит Викторию Серас и сталкивается в поединке с Алукардом. Андерсен оказывается способным к регенерации своих тканей. Поединок идет на равных и схватка оканчивается ничьей.
Против организации Хеллсинг развернута информационная война. В Интернете циркулируется снафф-фильм об убийстве капитана организации Хеллсинг, затем по телевидению транслируется операция по убийству вампиров, которые выглядят как гражданские люди. В этом участвует преступник-вампир, играющий в кровавых шоу, а также предатель в Организации Хелсинг.
Вампиры братья Люк и Ян Валентайн убивают тайного агента MI5, исследующего дело об искусственных вампирах. Их клан бросает вызов Британской империи и атакует штаб-квартиру организации Хеллсинг, где проходит заседание Круглого Стола.
Уолтер — старый паладин леди Интегры оказывается Ангелом Смерти. Он вместе с Алукардом и Викторией отбивает нападение. Победа далась тяжелой ценой. Погибло 135 сотрудников организации Хеллсинг, 24 получили ранение. Уцелели, главным образом те, кто отсутствовали в штаб-квартире на момент штурма.
Вновь о себе напоминает 13 отдел Инквизиции отдел Искариот — давний конкурент Организации Хеллсинг в борьбе с нечистью. Алукарду вновь приходится вступить в схватку с её священниками-воинами в лице отца Андерсона. Схватка заканчивается ничьей.
Фабрику по производству вампир-чипов обнаруживают в Гонконге, однако в ходе штурма уничтожаются все улики. К Виктории обращается агент MI5 Гарри Андерс в качестве посредника для переговоров с нейтральным вампиром Хеленой в виде маленькой девочки, которая живет в роскошном особняке. Гарри Андерс расследует дело об искусственных вампирах. Хелена утверждает, что в этом деле не могут быть замешаны британские вампиры. По возвращении с задания Гарри Андерса взрывают в собственной машине. Алукард сообщает Интегре, что с континента прибыл новый сильный вампир, равный ему по силе.
Организация Хеллсинг штурмует замок Бабхан, где скрываются искусственные вампиры. Операцию приходится сворачивать, поскольку поступает сообщение, что там скрываются террористы из ИРА. Однако антитеррористическое подразделение SAS оказывается в ловушке, а его элитные бойцы становятся вампирами. У леди Интегры обнаруживается младшая сестра — леди Лаура Вингейтс, которая оказывается подосланной убийцей. Она владеет гипнозом. Лаура хочет превратить Интегру в упыря и ей почти это удается. Алукард убивает Лауру, а Интегра выпускает из себя всю кровь, чтобы избавиться от крови вампирши. Во главе врагов Организации Хеллсинг оказывается настоящий истинный вампир Инкогнито с Черного Континента — его используют люди, но также как Алукард он служит людям по собственным мотивам.
Леди Интегра борется со смертью, на операционном столе. Её мысли уносятся в прошлое — к тем, временам, когда был жив отец, а она была маленькой девочкой. Для борьбы с нечистью Организация Хеллсинг иногда практикует таинственный Ритуал. После смерти отца Интегры, власть над организацией Хеллсинг попытался захватить его брат Ричард Хеллсинг. Ричард пытается убить маленькую Интегру, но её спасает пленник её отца Алукард, которого она случайно пробуждает своей кровью. Инкогнито проводит смотр своей армии вампиров, набранной из элитного подразделения SAS.
Капитан спецотряда вампиров Паркер пытается переманить Викторию на свою сторону. Организация Хеллсинг получает информацию о нападении вампиров на женское общежитие в Кембридже. Нападавшие — бывшие бойцы SAS. Это не простые вампиры, ибо они используют взрывчатку и автоматическое оружие. Вампиры нападают на Тауэр. Организация Хеллсинг отправляется на зачистку Тауэра. Инкогнито убивает вампира Хелену. Средства массовой информации неожиданно сообщают, что террористы захватившие Тауэр — члены Организации Хеллсинг, которая вышла из под контроля Королевы Англии. Леди Интегра понимает, что это предательство на самом высоком уровне.
Организация Хеллсинг сталкивается с британской армией. Погибает капитан Питер Фергюсон — начальник военного руководства Организации Хеллсинг, ветеран «Бури в пустыне». Гибнут все бойцы Организации Хеллсинг. Лишь Алукард и Виктория остаются в живых. Вампир Паркер сражается с Викторией, а Инкогнито с Алукардом. Виктория победила, а исход схватки истинных вампиров все еще не определен.
Вертолёт, на котором летит леди Интегра с Уолтером, сбивают королевские ВВС. Инкогнито вызывает бога Сета, который начинает уничтожать Лондон. Алукард гибнет, но возрождается. Поединок продолжается до тех пор, пока Алукард не побеждает. Леди Интегра в тюрьме. Хозяева Инкогнито, которые производили вампир-чипы, так и не раскрыты. В конце битвы Алукарда с Инкогнито, Алукард показывает своё лицо, часть которого похожа на лицо Влада Цепеша, являющегося прообразом графа Дракулы.