Малдер еле выжил после пожара в вагоне, устроенного военными по приказу Курильщика. Комиссия ФБР отправляет Скалли в принудительный отпуск, а Малдера считают погибшим. Тем временем, индейцы лечат его по старинному обычаю. Скалли обнаруживает у себя под кожей микрочип. Опрятный Человек предупреждает Скалли о покушении. Люди Курильщика ищут кассету с секретными файлами и заметают следы. Они убивают Мелиссу, приняв ее за Скалли.
Малдер встречается со Скалли и Скиннером, который забрал кассету. Малдер и Скалли находят секретный архив в заброшенной горной фабрике. Скалли сталкивается с кучкой гуманоидов, а Малдер становится свидетелем полета НЛО. Оказалось, что отец Малдера работал совместно с нацистами, проводившими опыты на людях по созданию гибрида человека и пришельца. Опрятный Человек рассказывает Малдеру много интересного. Синдикат требует от Курильщика кассету. Кассета попадает в руки Крайчека. Скиннер востанавливает проект X-Files.
Дарин Освальд — немного туповытый парень, котоpый заpяжался от удара молнии и в свободное время убивал коров и неугодных ему людей огромным электрическим разрядом. Он мог на расстоянии упpавлять электpическими устройствами и механизмами.
Маньяк убивает предсказателей и гадалок, хотя сам не знает почему и зачем. Малдер и Скалли знакомятся с пожилым страховым агентом, Клайдом Брукманом, обладающим даром видеть смерть жертв маньяка. Он может видеть и свою смерть, но не желает противостоять судьбе.
Перед казнью заключенный обещает вернуться и отомстить тем кто издевался над ним. После казни неожиданно начинают умирать работники тюрьмы согласно списку казненного. Во всех трупах чрезвычайно быстро начинают размножаться личинки мухи. Оказалось, что казненный проводил время, изучая различные магические и религиозные верования. Выполнив свое обещание, воскресший исчезает.
Маньяк, с биологической аномалией заводит знакомства с полными дамами чеpез Internet. Его организму не хватает жира, который он отбирает у своих жертв вместе с жизнью. Скалли спешит на помощь к его очередной жертве, и чуть сама не ставится добычей маньяка. Его помещают за решетку, но никто не знает, что с ним будет дальше.
Маньяк-фотограф похищает из спальни девочку Эми и запирает ее в своем темном подвале. Тот же маньяк когда-то похищал девушку Люси — она провела в его подвале 5 лет. Теперь, Люси — взрослая женщина. Между похищенной девочкой и Люси неожиданно устанавливается непонятная связь. Люси видит и чувствует все тоже что и Эми. Она помогает Малдеру в поиске преступника и даже отдает Эми свои силы и жизнь.
Малдер за $29 покупает кассету с записью вскрытия инопланетянина. Но неожиданно вмешиваются японцы. Которые начинают заметать следы. Они сажают в специально оборудованный вагон существо похожее на пришельца. Малдер начинает погоню. Скалли встречает группу женщин, которые узнают ее как одну из похищенных.
В лесу военные расстреляли несколько сотен человек. Это подопытные у которых японские врачи хотели выработать иммунитет против всего на свете. Малдер все таки попал в вагон и оказался в ловушке вместе с агентом национальной безопасности и одним из подопытных доктора Зама. Скалли расследует дело с другого конца. Оказывается вживленный в нее микрочип произведен на земле, а все похищения людей просто дымовая завеса чтобы под этим прикрытием производить опыты над людьми. е последнюю роль во всех опытах сыграли японские врачи.
Дьявол в обличье простого человека убивает пророков. Пока ему попадались обыкновенные шарлатаны, но только маленький Кевин, у которого на руках стигматы, является истинным пророком. Малдер со Скалли пытаются защитить его, но он и сам неплохо справляется с этой задачей.