Проект Секретные материалы закрыт. С помощью Сенатора Мэтисона, Малдер отправляется в радио — обсерваторию Пуэрто-Рико, чтобы установить контакт с пришельцами и получить доказательство их существования. Контакт был, но никаких физических улик у Малдера все-таки не оказалось. Ему и Скалли с трудом удалось убежать от военных.
На российском корабле к берегам Америки был перевезен страшный белый мутант. Это существо — смесь человека и плоского червя-паразита, поселилось в канализации Нью-Джерси. Этот гермафродит нападает на людей и при укусе откладывает в рану свою личинку. В попытке поймать монстра Малдер разрезает его на две части с помощью закрывающейся перегородки в трубе.
Поля гоpодка опpыскивают новым ядом — LSDM, действующим не только на вpедителей, но и людей. От него скpытые стpахи людей увеличиваются в сотни раз и пpевpащаются в фобии и паpанойи. Кто-то или что-то посредством дисплеев и табло электронных приборов, приказывает людям убивать друг друга. В некогда мирном городке проливаются реки крови.
Погибают бывшие подопытные солдаты, воевавшие во Вьетнаме. Это последние бойцы спец. отряда из 13 человек, на счету которых 14000 подтвержденных убийств. У них вырезана часть мозга в результате чего они потеряли способность спать, а взамен стали машинами для убийства. По прошествие 24 лет, их капрал, обладающий поразительной способностью к внушению и вызову у людей галлюцинаций, решил убить всех своих подчиненных. В качестве напарника к Малдеру засылают Алекса Крайчека.
Бывшего агента ФБР, который считают что за ним охотятся пришельцы, помещают в психушку. Ему удается сбежать и захватить заложников. Агенты ФБР обезвреживают его и обнаруживают у него под кожей странные кусочки металла со штрих-кодом. Дуэйн сбегает из больницы и похищает Скалли из ее собственного дома.
В похищении Скалли замешаны люди Курильщика. Крайчек, тоже работает на него и препятствует Малдеру, когда тот пытается спасти Скалли. Дуэйн везет ее в багажнике, чтобы отдать вместо себя пришельцам на вершине горы. Ему это удается, но самого его убирают военные.
Дело расследует одинокий Малдеp. Тpое, с гипеpтpофиpованной болезнью Гюнтеpа, убивают и пьют кpовь жеpтв, чтобы жить вечно. Но вечная жизнь не дается просто так. Им нужно все больше крови, кроме того, им противопоказан свет. Кристин, четвертая в их компании, хочет порвать с ними, но единственный выход это сжечь их всех вместе с собой.
Скалли неожиданно появилась в больнице, но никто не может сказать как и когда она туда попала. Она находится в коме и в ее крови обнаружена чужеродная ДНК, которая ее убивает. Это результат опытов над ней. Малдер ищет виновников похищения, а благодаря Скиннеру он застает Курильщика врасплох. После нескольких видений, Скалли открывает глаза и поправляется.
Экспедиция вулканологов находит в жерле вулкана новую форму жизни, основанную на кремнии. Она способна выжить при температуре 400 градусов. Это грибко-подобный паразит, прорастающий в своей жертве и в момент созревания выстреливающий свои смертельно-опасные споры. Выживший руководитель проекта уничтожает все записи, оборудование и членов своей экспедиции.
В лесу стали находить раздетых подростков с надписью на спине «ОН ОДИН». Это хотят свалить на секту вегетарианцев в кpасных чалмах. Однако главный виновник — ветеринар, протестующий против новых прививок доктора Ларсена. В состав прививок входит ДНК внеземного происхождения, от которой дети не болеют, но становятся злыми и жестокими. Похоже в опытах над людьми замешано правительство. Дело зашло в тупик.