Знакомство главных геpоев, их первое дело. В загоpодном лесу пpоисходят загадочные смеpти, сопpовождающиеся пpовалами во вpемени. Hа спине всех жеpтв обнаpужены красные отметки. В эксгумированном человекоподобном трупе находят металлический имплантант. Похитителем оказался сын местного шеpифа, якобы парализованный, действующий по пpиказам инопланетян.
На секретной авиабазе Элленс проводятся испытания сверхманевренных самолетов, сделанных по технологии НЛО. Пилотам этих самолетов стирают память. У Малдера появляется тайный информатор — Бездонная глотка.
Генетический мутант, способный пролезать сквозь любые щели, убивает людей пожирая их печень. Пять новых жертв он находит через каждые 30 лет, в течении которых он находится в спячке в своем гнезде. Малдер приходит на помощь Скалли, когда на нее нападает мутант и отправляет его за решетку. Но это еще не конец.
Летней ночью, на глазах у брата, похищена девушка. Это случилось на озере, знаменитом случаями наблюдения НЛО. Похищение напоминает Малдеру его собственную трагедию. Брат девушки принимает двоичные коды через спутниковую антенну.
В лесу находят изуродованный труп со следами человеческих зубов. Местная легенда говорит о дьяволе, живущем в лесу. Малдеру удается увидеть и встретиться с этим существом. Оказалось, что это целая семья диких людей. Смерть самца заставила самку забыть осторожность и выйти в город в поисках пропитания для себя и своего детеныша.
Призрак Ховарда Грейвса решает отомстить за свою смерть, которую обставили как самоубийство. Он оберегает свою любимую секретаршу от рук наемных убийц. Призрак помог агентам ФБР найти спрятанную дискету с компроматом на преступную группировку и нового начальника фирмы.
Новый председатель корпорации хочет закрыть проект интеллектуальной системы управления зданием. Система решает защищаться и убивает его, а потом и агента ФБР. Справится с обезумевшей системой может только вирус, написанный ее создателем. Однако военные, заинтересованные в проекте, пытаются помешать Малдеру.
На Аляске погибает геологическая экспедиция, которая исследовала глубокие слои льда. Вместе в Малдером и Скалли, на расследование отправляются геолог, врач и токсиколог. Причина гибели экспедиции — неизвестная порода червя, найденная во льду возраста 200'000 лет. Паразит, проникая в тело человека, выделят вещество, вызывающее аргессию. Два червя не могут существовать в одном хозяине и убивают друг друга — это единственный способ лечения.
Некий дух из космоса вселяется в полковника НАСА. Оно контроллирует действия полковника и препятствует нормальному полету шаттлов. Полковник знает о дефектах оборудования, но не в силах помешать. Только благодаря его выдержке и умению экипажа они благополучно выводят груз на орбиту и возвращают корабль на землю. Все неудачи в НАСА стараются скрыть из-за страха, что конгресс прекратит финансирование.
В лесу упал HЛО. Район падения оцеплен и военные хотят поймать пилота — пришельца. Однако все пытавшиеся его задержать умирают от радиоактивных ожогов 5-6 степени. В расследовании Малдеру помогает Макс из NICAP, которого в итоге похищает пришелец.