Когда-то Сусуму Накоси работал в крупной финансовой компании, а теперь вынужден ночевать в собственной машине, не имея ни дома, ни работы. Когда к нему обращается студент-медик Манабу Ито и предлагает ему поучаствовать в медицинских экспериментах, Сусуму в отчаянии соглашается. За 700 тысяч иен ему проводят трепанацию черепа. После операции герой замечает странный эффект — как только он закрывает правый глаз, то люди, которых он видит, выглядят искаженно. Манабу сообщает ему, что отныне он видит не образ людей, а их травмы и темные секреты, которые они прячут в себе.
«Гомункул» — японский фильм ужасов по мотивам одноименной манги Хидео Ямамото.