События фильма разворачиваются во время Второй Мировой войны. В чешскую деревню, где живет маленькая девочка Эмилке, приходят фашисты. Отца Эмилке расстреляли, мать увезли в концлагерь, а сама девочка приглянулась немцам своей нордической внешностью. Они решают, что Эмилке и другие дети, подходящие под нацистские стандарты, могут «германизироваться». Их отправляют в воспитательный лагерь.
«Кукушка в темном лесу» — военная драма о чешской девочке, попавшей в семью нацистов во время Второй Мировой войны.