События фильма разворачиваются во время Великой Отечественной войны в Беларуси. Бывший заведующий отделом исполкома Иван Антонюк собирает свой партизанский отряд. Не имевший ранее никакого военного опыта, Иван должен научиться принимать важные решения, от которых зависит не только его собственная жизнь, но и жизнь его партизан и родной деревни. В таких условиях Иван переживает первые потери, первые победы и настоящую любовь. «Глубокое течение» — военная драма, снятая по мотивам романов Ивана Шамякина «Снежные зимы» и «Глубокое течение».