Действие фильма разворачивается в специальной подземной лаборатории, где-то посреди штата Аризона, США. Группа профессиональных учёных пытается предотвратить возможную эпидемию неизвестного заболевания, попавшего на Землю вследствие крушения исследовательского спутника. Инопланетный вирус поразил всех жителей в округе, кроме младенца и законченного алкоголика. Эти двое — последняя надежда человечества в борьбе со смертельным заболеванием. «Штамм Андромеда» — экранизация одноименного романа американского писателя-фантаста Майкла Крайтона.