Агенты ФБР — Дана Скалли и Фокс Малдер — оказываются вовлеченными в тайный заговор. Они должны расследовать секретную деятельность правительства и выяснить правду о колонизации планеты внеземными гостями. Новое задание превосходит по опасности все, с чем агентам приходилось сталкиваться. Малдера и Скалли пытаются подставить неизвестные структуры, обвиняя их во взрыве правительственного здания в Далласе. В это время таинственная субстанция появляется в подземной пещере в Техасе. За расследование дела опять берутся странные люди — члены тайного синдиката, который очень тщательно хранит свои секреты.