Прошло два года с тех пор, как человечество было спасено от гибели отважной командой под предводительством Клауда Страйфа. Наступили мирные времена, злодей Сефирот был повержен, а могучий Клауд отошел от дел. Он поселился на отшибе в приюте для сирот, стараясь стереть из памяти кровавые битвы прошлого. Но уйти на заслуженный отдых герою не удалось. Жителей Земли начала поражать страшная и неизвестная болезнь. А неподалеку от обители Клауда появился таинственный незнакомец Кададж, замышляющий что-то недоброе. И его коварные планы распространялись на подзащитных Страйфа – бедных сирот.