В шоу принимает участие 108 юных атлетов в трех возрастных категориях: 9−10 лет, 11−12 лет и 13−14 лет. Спортсмены проходят несколько уровней препятствий: в отборочном туре и полуфинале важно опередить соперника, а в финале от каждой возрастной категории участвуют по десять человек, которые проходят маршрут в одиночку — при этом им необходимо собирать кольца и помнить о времени. Шесть лучших атлетов проходят в суперфинал с двойной вертикальной полосой препятствий, и только один атлет из каждой категории может получить звание победителя и денежный приз — 2 миллиона рублей.
Специально для съемок шоу «Суперниндзя. Дети» в Минеральных Водах в специальном павильоне площадью 10 000 квадратных метров построили 86-метровую трассу, которую тестировали профессиональные юные спортсмены под руководством тренеров и судей проекта.