Токио потрясен серией загадочных самоубийств. Четыре девочки, которые учились в разных школах и не были знакомы друг с другом, одна за другой спрыгнули с крыши небоскреба Фудзе. Никто из них при этом не испытывал очевидных проблем и не оставил предсмертной записки. Сики Реги, обладающая способностью видеть смерть, подозревает, что в деле замешаны потусторонние силы. Постепенно жертв становится все больше, и тогда девушка решает провести собственное расследование. Разобраться в мрачных событиях ей помогают могущественная волшебница Токо Аодзаки и друг Микия Кокуто.
Сериал «Границы пустоты» снят по мотивам романа «Сад грешников» японского писателя и сценариста Киноко Насу. Аниме рассказывает о работе секретного детективного агентства «Храм пустоты», занимающегося расследованием сверхъестественных преступлений.