Сюжет сериала разворачивается в провинциальном городе Шубинске в двух временных линиях — в 1996 и 2015 годах — вокруг пятерых друзей-одноклассников и бандита по прозвищу Мальборо.
1996 год. Неразлучные 14-летние друзья Даня, Костя, Юра, Андрей и Виталик, которых за привычку все и всегда делать вместе прозвали «Пальцы», становятся свидетелями разборки между местными бандитами и рэкетирами. В потасовке Андрей ранит из пистолета преступника по прозвищу Мальборо. «Пальцы» надежно прячут оружие, и вся история надолго забывается.
В 2015 году Андрей приезжает в родной Шубинск на вечер выпускников: встречает закадычных друзей и уговаривает девушку Асю, которую любит еще со школы, уехать с ним в Москву. В то время как одноклассники веселятся, в городе происходит покушение на крупного бизнесмена Виталия Волкова по прозвищу Мальборо. Оказывается, что стреляли в него из того же пистолета, что и 19 лет назад.
Сериал «Пальцы» — детективная драма о событиях, произошедших в лихие 90-е и нашедших отклик в 2010-е годы. Каждого главного героя играет два актера.