В третьем сезоне тяга к загадкам сыграла с Филином злую шутку. Его застали на месте убийства с оружием в руках. Капитан Козин уверен в виновности доктора, ведь на него указывают все улики. Даже влюбленная в Алексея Геннадьевича оперативник Громова предполагает, что он мог убить, находясь в анабиозе из-за недостатка сна. Филину ничего не остается, как самостоятельно найти настоящего преступника.
В новом сезоне сериала «Филин» доктор Филиппов станет намного счастливее и даже влюбится. В отношениях Захаровой и майора Козина тоже произойдут изменения. А еще они станут свидетелями преступления. Доктор Черных по-прежнему будет влюбляться в пациенток, но безуспешно. Бублику станут давать более серьезные поручения. Зачем убирают журналистов и всех участников их рабочей командировки? Для чего за погибшим фотографом следил кот? Кто убивает девушек каждое полнолуние?