Полевой командир Масуд планирует масштабный теракт, сравнимый с атакой 11 сентября. Осуществить его он хочет посредством баллистических ракет, которые находятся на вооружении армии небольшой среднеазиатской страны Саулейн. С помощью продажного генерала в Генштабе Саулейна он собирается получить доступ к командному пункту, откуда можно запустить ракеты. План Масуда становится известен Главному разведывательному управлению. Решено внедрить в команду Масуда подполковника Николая Крылова, которого террорист знает много лет. Герою сериала «Пустыня» предстоит узнать, действительно ли готовится теракт и что на самом деле задумал Масуд.