Действие сериала «Шарлотта» происходит в альтернативном мире. Некоторые дети по достижении подросткового возраста обнаруживают в себе сверхъестественные способности. Ю Отосака получает дар временно овладевать разумом другого человека. Он хотел бы использовать эту возможность, чтобы облегчить свою жизнь в школе, но пока контроль своей способности дается ему с трудом. Поймав Ю с поличным, загадочный Нао Томори уговаривает юношу перейти в академию Хосиноми, где одаренных студентов учат справляться со своими сверхсилами.