Главные герои детективного сериала — совершенно разные люди. Он — бывший разведчик, генерал-лейтенант Павел Пашков (Сергей Шакуров), много лет назад потерявший жену и всю жизнь посвятивший укреплению атомной безопасности страны. Она — молодая журналистка Ольга Капустина (Наталия Вдовина), с иронией воспринимающая советские идеалы. Ольга становится помощницей Пашкова, который пишет книгу о своей службе в комитете госбезопасности. Сначала девушка не разделяет взгляды бывшего разведчика, но постепенно ее мировоззрение меняется...
Сериал «Пират и пиратка» является экранизацией одноименной повести Валентина Черных.