Мегатрон слишком рано торжествует: пока Райнокс ремонтирует Оптимуса Прайма, Праймал вбирает в себя «искру» предка и превращается в «Оптимального Оптимуса» — огромного и ещё более могучего, чем когда-либо раньше. Хотя максималы лишились собственного корабля, они всё же выиграли этот раунд — Мегатрон вынужден отступить, лидер автоботов спасён, временна́я буря остановлена… История продолжается!
На Землю прибывает максимал Дэпс Чардж, одержимый желанием найти и уничтожить «Протоформу Х» — Рэмпейджа, который когда-то погубил всех жителей его родной колонии Омикрон. Его желание исполняется лишь частично — он находит Рэмпейджа, но сам едва не становится его жертвой. Спасённый Праймалом от смерти, Дэпс Чардж, тем не менее, не хочет присоединяться к его отряду и снова отправляется на поиски своего заклятого врага…
Рэттрэп в батискафе погружается на дно озера к затопленному «Аксалону», чтобы снять с него «Часового» -охранную систему для защиты новой базы максималов. Неожиданно он оказывается в самом центре ожесточённой битвы между Рэмпейджем и Дэпс Чарджем. Из-за упрямства последнего и его стремления во что бы то ни стало немедленно расправиться со своим врагом миссия Рэттрэпа оканчивается полным провалом — «Часовой» захвачен предаконами…
Провожая домой своих малолетних подопечных из племени первобытных людей — Джака и Уну, Чёрная Вдова и Читор подвергаются нападению кибер-рапторов Мегатрона. Тарантул заражает прибывшего на помощь Оптимуса трансметаллическим ядом, а сам Мегатрон с остальными предаконами прорывается на базу максималов. Вовремя подоспевший Дэпс Чардж помогает Рэттрэпу и Райноксу отбить вражескую атаку, но сюрпризы Мегатрона ещё не закончились…
Используя инопланетную технологию, Мегатрон клонирует Динобота и оживляет его с помощью части бессмертной «искры» Рэмпейджа. Пытаясь помешать этому, Читор получает тяжёлые повреждения, однако Дэпс Чарджу удаётся похитить основную деталь клонирующего устройства — трансметаллический усилитель. Предаконы захватывают Дэпс Чарджа в плен, чтобы вернуть усилитель, но нападение загадочного чёрного зверя обращает их в бегство…
Читор, которого остальные максималы уже считали погибшим, возвращается к товарищам, но с ним творится нечто странное — в результате воздействия трансметаллического усилителя он вторично подвергается мутации, превращаясь в свирепого чёрного зверя. Не умея контролировать свою новую силу, Читор становится опасным для окружающих, но при содействии Оптимуса вновь обретает власть над самим собой.
Чёрная Вдова, обиженная недостатком доверия со стороны максималов, покидает их базу и почти сразу же сталкивается с клоном Динобота. Их смертельную игру в «кошки-мышки» прерывает появление Сильверболта, который бросается на защиту дамы своего сердца, но… вместо благодарности получает от неё пулемётный залп, а сама она вступает с Диноботом II в переговоры и предлагает ему заключить союз. Похоже, для недоверия есть основания…
Мегатрон собирается испытать на максималах новое смертоносное оружие — сверхмощный излучатель, способный парализовать любого трансформера. Но завершить установку излучателя может только целиком органическое существо; для этого предаконы по приказу Мегатрона похищают маленькую Уну. Однако у девочки есть надёжные защитники — Рэттрэп и Дэпс Чардж, да и сама она оказывается не такой уж беспомощной…
Райнокс проводит сложную и очень ответственную операцию по высвобождению исходной программы Чёрной Вдовы, изолированной предаконами. Узнав об этом, Тарантул активирует смертельный вирус, заложенный им в программу-оболочку. Увидев свою возлюбленную умирающей, Сильверболт, вне себя от горя и гнева, пытается убить Тарантула, и тут сам попадает в руки Рэмпейджа. Спасение приходит как раз вовремя…
Чтобы стать ещё сильнее, Мегатрон по примеру Оптимуса Праймала принимает в себя «искру» своего тёзки — лидера десептиконов. Пока длится переформатирование, Тарантул и Квикстрайк решают воспользоваться моментом и покончить с Мегатроном, сбросив его в лавовое озеро. Но вместо того, чтобы погибнуть, Мегатрон превращается в грозного огнедышащего дракона…
Новый пришелец из космоса — Тайгерхок — должен по заданию своих создателей-Воков ликвидировать Мегатрона, чтобы устранить последствия вызванной им временно́й бури, однако сам попадает в плен к Тарантулу, который пытается заставить его служить себе…
Тайгерхок разгромил базу предаконов, но Мегатрон не очень-то расстроен. Отыскав на берегу проложенный Тарантулом секретный туннель, он в сопровождении Динобота II спускается на морское дно, к «Немезиде» — боевому крейсеру десептиконов, и поднимает его в воздух, чтобы довершить то, что в своё время не удалось «первому» Мегатрону — уничтожить «Ковчег» вместе с его экипажем…
Сознавая, что победа Мегатрона приведёт к катастрофе вселенского масштаба, Оптимус Праймал в одиночку атакует «Немезиду», в то время как его товарищи отчаянно пытаются оборонять «Ковчег». Но силы слишком неравны. Кажется, что остановить Мегатрона может только чудо… И оно происходит — Динобот-клон неожиданно встаёт на сторону максималов. «Немезида» вновь исчезает в пучине моря, Мегатрон повержен и пленён, а Праймал и его команда могут наконец вернуться домой. Неужели всё кончено?