После гибели Оптимуса Мегатрон принимает решение немедленно напасть на базу максималов, оставшихся без командира. Но взрыв космической станции пришельцев порождает мощнейшую квантовую волну. Под её воздействием часть максималов и предаконов мутирует, превратившись в трансметаллические существа. «Звериные войны» получают новый импульс.
Предаконы спешат к месту приземления новых анабиозных капсул с протоформами. Воспользовавшись этим, Динобот забирает с «Дарксайда» оба Золотых Диска, надеясь разгадать скрытую в них тайну будущего. Тем временем из капсул, подвергшихся воздействию квантовой волны, выходят необычайные создания — фьюзоры. Мегатрон тут же берёт их в свой отряд вместо погибших в лавовом озере Террорзавра и Скорпонока, и атакует максималов.
Пока максималы отчаянно сражаются с превосходящими силами предаконов, Райнокс отправляет своё сознание в опасное путешествие — на поиски «искры» Оптимуса. Его миссия увенчивается успехом — когда силы максималов уже на исходе, Оптимус Праймал возвращается к жизни, став ещё сильнее, чем прежде, и заставляет предаконов отступить. А один из фьюзоров, Сильверболт, переходит на сторону максималов.
По распоряжению Мегатрона Тарантул, Чёрная Вдова и фьюзор Квикстрайк должны построить станцию дозаправки в пещере, где сохранились залежи кристаллов энергона. Но вместо того, чтобы выполнить приказ, Тарантул втайне от всех оборудует в пещере свой собственный «секретный бункер»…
Изучив кибертронский Золотой Диск, Динобот приходит к выводу, что события развиваются именно так, как было предсказано, и начинает сомневаться в том, что в своё время сделал правильный выбор, примкнув к максималам. Он возвращается к Мегатрону, но тот требует, чтобы Динобот доказал свою верность. Для этого он должен сразиться с Квикстрайком, вернуть Золотой Диск и убить Рэттрэпа…
Во время нового визита Воков бесследно исчезают Тигатрон и Эйрэзор. Пока все максималы заняты тем, что пытаются выяснить судьбу своих товарищей, Мегатрон с помощью Инферно и Чёрной Вдовы попадает внутрь «Аксалона» и снова завладевает Золотым Диском инопланетян. Перед максималами встаёт перспектива вести войну на два фронта…
Получив благодаря Золотому Диску доступ к управлению кораблём пришельцев, Мегатрон берёт Оптимуса Праймала в заложники, чтобы по возвращении на Кибертрон гарантировать свою безопасность и иметь возможность диктовать кибертронцам свои условия. Но вмешательство Рэттрэпа расстраивает его планы…
Из огромной анабиозной капсулы, помеченной жёлтым крестом, появляется на свет «Протоформа Х» — мрачная тайна «Аксалона», безумный гигант, мутировавший в результате рискованного эксперимента учёных-максималов с бессмертной «искрой» Скандалиста. Он враждебен и агрессивен по отношению к любому, кого встречает на своём пути. Но Мегатрон находит способ обуздать его…
По приказу Мегатрона предаконы вторгаются в долину, где обитают предки людей, чтобы истребить человечество в самом зародыше и тем лишить автоботов их будущих союзников. Но на их пути встаёт непреодолимая преграда — Динобот. Он разгадал замыслы своего бывшего командира и полон решимости воспрепятствовать их осуществлению. В итоге максималы снова победили, но какой ценой…
Максимал Сильверболт и предакон Рэмпейдж сражаются не на жизнь, а на смерть из-за странного существа — Трансмутации, в которой каждый из них чувствует что-то родственное себе. Жертвуя собой, Трансмутация собственным телом останавливает снаряды, выпущенные ими друг в друга. Общая утрата на время сближает лютых врагов, и оба они искренне оплакивают гибель несчастной.
Верховный Совет предаконов присылает на Землю своего тайного агента, бывшего десептикона Рэведжа, которому поручено разыскать Мегатрона, схватить его и доставить обратно на Кибертрон. Вместе с Оптимусом Праймалом и его командой Рэведж успешно выполняет первую часть задания — Мегатрон взят под арест на своей же собственной базе…
Арестованный Мегатрон выкладывает свой главный козырь: он раскрывает Рэведжу истинную причину похищения Золотого Диска и своего бегства с Кибертрона. Оказывается, всё это время он действовал в соответствии с инструкциями «первого» Мегатрона, зашифрованными на Диске. Убеждённый Рэведж освобождает Мегатрона и улетает вместе с ним на глазах потрясённых максималов…
Мегатрон заставляет Чёрную Вдову открыть ему секретный код доступа на обнаруженный в пещере под вулканом «Ковчег» — древний космический корабль, в котором уже несколько миллионов лет ждут своего пробуждения автоботы и десептиконы. Прежде чем максималы успевают ему помешать, Мегатрон взрывает голову Оптимуса Прайма, чтобы автоботы не смогли победить в грядущей войне. Начинается чудовищный катаклизм, грозящий уничтожить максималов, Вселенную и само время… Неужели всё кончено?