В результате ожесточённой перестрелки «Дарксайд» (корабль предаконов) и преследующий его «Аксалон» (корабль максималов) терпят крушение и оказываются на неизвестной планете, где концентрация энергона настолько велика, что является смертельно опасной для роботов. Ради выживания трансформеры вынуждены принять формы органических живых существ. Обретя новые тела, предаконы и максималы возобновляют войну, которую вели когда-то их предки.
Предакон Динобот порывает со своими соплеменниками и вызывает Оптимуса Праймала на поединок за право быть лидером максималов. В ходе сражения каждому из бойцов представляется удобный случай прикончить своего противника, но вместо этого они спасают друг другу жизнь: Оптимус вытаскивает Динобота из пропасти, а тот, в свою очередь, заслоняет Оптимуса от выстрела Мегатрона. В итоге в команде максималов становится на одного члена больше.
Скорпонок находит мега-пушку с борта «Дарксайда», потерянную при крушении. Чтобы не дать предаконам использовать её против максималов, Читор самовольно отправляется на их базу, но сам попадает в статическую сеть Тарантула. На выручку приятелю спешит Рэттрэп. Ему удаётся разрушить установку, питающую сеть, освободить Читора и вернуться вместе с ним на «Аксалон», и всё это — по секрету от командира Оптимуса.
Читор нечаянно телепортируется на «Дарксайд» по каналу, открывшемуся во время грозы. Динобот и Оптимус Праймал, уверенные, что юный максимал погиб, посылают на базу предаконов взрывное устройство, не подозревая, что взрыв уничтожит обе базы, так как они расположены над одной и той же энергоновой жилой. Однако Читор успевает буквально в последний момент разрядить бомбу и, ускользнув от предаконов, возвратиться к своим.
В ходе очередной схватки между максималами и предаконами случайный выстрел приводит в действие маяк, на сигнал которого прибывает зонд инопланетян и захватывает Оптимуса Праймала. На вакантное место лидера претендует Динобот, но Оптимус, которому удаётся связаться с товарищами, поручает командование Рэттрэпу. Всем на удивление, тот отлично справляется с задачей, и даже Динобот вынужден это признать.
Террорзавр обнаруживает летающую скалу, буквально начинённую кристаллами энергона и получает достаточно энергии, чтобы разнести Мегатрона на куски и провозгласить себя новым лидером предаконов. Однако добытая им энергия нестабильна, и её запас быстро иссякает. Чтобы восстановить силы, Террорзавр опять отправляется к скале, но Оптимус Праймал и Рэттрэп взрывают её, и ему приходится вернуться на базу ни с чем. А там его поджидает… Мегатрон собственной персоной!
Где-то на Севере приземляется шаттл с протоформой робота. Чтобы он не достался максималам, Мегатрон с частью своего отряда атакует их базу, в то время как остальные предаконы пытаются задержать максималов по дороге к шаттлу. Предаконы оказываются в нужном месте раньше, чем максималы, но, благодаря изобретательности Оптимуса и храбрости Динобота, протоформа уже активирована. В команде максималов появляется новый боец — могучий и вольнолюбивый Тигатрон.
После провала нескольких операций подряд Рэттрэпа подозревают в измене. Чтобы оправдаться, он должен отправиться в опасную экспедицию на вражескую территорию. Притворившись, что переходит на сторону предаконов, Рэттрэп проникает в их штаб. Там он находит и обезвреживает похищенный предаконами декодер, с помощью которого те следили за происходящим на базе максималов. Ко всеобщему облегчению, невиновность Рэттрэпа доказана. А Оптимус Праймал никогда в ней и не сомневался…
Сконструированный Райноксом «Часовой» — автоматическая система обеспечения безопасности «Аксалона» — из-за случайного повреждения «сходит с ума» и принимает самих максималов за врагов, так что им приходится бежать с собственной базы. Исправить дело берётся виновник происшествия — Рэттрэп; он успешно преодолевает все преграды, обходит всевозможные ловушки и отключает «Часового».
Оптимус Праймал заражён страшным вирусом. По замыслу Скорпонока и Мегатрона, этот вирус должен превратить Оптимуса в жалкого труса, но вместо этого делает его крайне свирепым и агрессивным. В таком состоянии Оптимус не может оставаться с друзьями, чтобы не подвергать их опасности — он направляется на базу предаконов, чтобы вступить с ними в решительный бой и уничтожить врагов ценой собственной гибели… или добыть противоядие.