Оставшись без предводителя и почти без энергии, десептиконы укрылись на выжженной планете Чаар. Подключившись к блоку памяти Юникрона, Циклон определяет местонахождение Гальватрона и призывает десептиконов отдать всю имеющуюся энергию для спасения вождя. Между тем Олимпиаду, организованную автоботами в честь победы, прерывает неожиданное нападение неизвестного врага, в ходе которого похищены Ультра Магнус, Ворчун и Спайк Уитвики. Подозрение, естественно, падает на десептиконов. Чтобы найти виновных, Родаймес Прайм и Динобот Смельчак отправляются на Чаар.
Родаймес Прайм сильно пострадал в неравном бою с десептиконами на Чааре, однако благодаря силе Матрицы ему удаётся не только выжить, но и выяснить, что за похищением стоят зловещие и загадочные Квинтессоны. По приказу Родаймеса автоботы немедленно вылетают на Квинтессу и прибывают туда как раз вовремя, чтобы выручить своих товарищей, приговорённых к смерти. Тем временем Циклон и Свипы освобождают Гальватрона из озера лавы на планете Трол. Вождь десептиконов стал ещё сильнее и злее, и полон решимости возродить свою империю.
Горя желанием уничтожить автоботов, Квинтессоны взорвали собственную планету. Родаймеса Прайма и других занесло на Утилион — планету- «липучку», и они не могут её покинуть. Квинтессоны же направляются на Чаар; там они с помощью энергокубов вербуют изголодавшихся десептиконов и увозят их на Утилион — прикончить автоботов. Узнав об этом от Разряда — единственного из десептиконов, кто не последовал за Квинтессонами — Гальватрон собирается расправиться с «узурпаторами».
Прибыв на Утилион, Гальватрон вновь подчиняет себе десептиконов, а затем врывается на корабль Квинтессонов. Те, притворяясь испуганными, признают его власть и обещают служить ему. В это время Родаймес Прайм совершает новое путешествие внутрь Матрицы и узнаёт, что Квинтессоны — создатели всех трансформеров, некогда изгнанные с Кибертрона и жаждущие мести. Чувствуя, что Кибертрон в смертельной опасности, Родаймес приказывает немедленно возвращаться, но уже поздно — Гальватрон заключил союз с Квинтессонами против автоботов и людей. Его армия, пополненная гигантским трансформером Триптиконом, атакует Кибертрон и Землю.
Пока десептиконы и автоботы сражаются между собой, Квинтессоны решают, что наступил удобный момент для того, чтобы восстановить своё владычество на Кибертроне. Давным-давно они спрятали в недрах планеты особое устройство; будучи запущено, оно деактивирует всех трансформеров до единого. Однако после того, как Спайк выстрелом из бластера разбивает пульт управления, действие устройства прекращается, и Квинтессонам вновь, как когда-то, приходится бежать с Кибертрона. Десептиконы тоже вынуждены отступить. Автоботы одержали победу, но Родаймес Прайм понимает, что это ещё далеко не конец.
Учёный-Квинтессон обманом завлекает на свой корабль Ультра Магнуса, Циклона, лидера Джанкионов Ремонтника и Мариссу Фейрборн, планируя использовать их в качестве «подопытных кроликов» для своих экспериментов. Во время полёта пленникам удаётся вырваться на свободу, но им угрожает новая, ещё более серьёзная опасность — корабль стремительно приближается к «чёрной дыре», которая затягивает его в иную Вселенную. Чтобы вернуться в собственный мир, всем находящимся на корабле нужно забыть, хотя бы на время, о своей вражде и действовать сообща, как одна команда.
Расследуя крушение космической станции на Утилионе, автоботы получают доказательство того, что в руки десептиконов попало самое твёрдое вещество во Вселенной — «Кристаллы Смерти», порождаемые страшилищем по имени Хаос. Теперь команде автоботов предстоит опасная экспедиция на планету Ужас, где обитает это жуткое создание, чтобы уничтожить губительные кристаллы. К тому же у Ворчуна свои давние счёты с Хаосом...
В космической усыпальнице автоботов-героев Великой войны, Родаймес Прайм и его товарищи становятся свидетелями воскрешения Оптимуса Прайма. Казалось бы, надо только радоваться, что любимый командир снова в строю… Но кто вернул его в мир живых, и с какой целью? Сохранилось ли в нём хоть что-нибудь от прежнего Оптимуса, или он теперь — всего лишь бездушный зомби, созданный, чтобы убивать? Родаймес Прайм должен как можно скорее ответить на эти вопросы, иначе автоботы обречены!
Квинтессоны предпринимают попытку изменить ход истории Кибертрона: через специально созданный временно́й портал они переносят из прошлого в будущее вождя мятежных рабов — трансформера по имени А3, в расчёте на то, что без него восставшие не смогут победить, а значит, Квинтессонам удастся сохранить власть над планетой. Однако вместо А3 в далёкое прошлое Кибертрона попадают пятеро автоботов из ХХI века, которые и возглавляют повстанцев. Между тем механизм путешествия во времени выходит из-под контроля, грозя уничтожить всю Вселенную. Чрезвычайная ситуация требует от всех её участников экстренных мер и нестандартных решений…
Десептикон Октан приговорён Гальватроном к смерти. Прячась в подземельях Кибертрона от разыскивающих его Свипов, он неожиданно встречается… с призраком Скандалиста, убитого Гальватроном год назад. Двое авантюристов, живой и мёртвый, сговариваются отомстить общему врагу и, не теряя ни минуты, берутся за дело. Их невольным пособником оказывается ближайший помощник Гальватрона — Циклон, в которого вселяется дух Скандалиста…