Спайк Уитвики тяжело ранен во время перестрелки c десептиконами. Пока врачи в больнице готовят его к операции, Гонщик на время помещает сознание мальчика в оболочку «Автобота Х» — робота, собранного Факелом из запчастей. Сам Спайк, однако, отнюдь не в восторге от своего превращения. Мегатрон решает воспользоваться ситуацией и направить силу и злость «Автобота Спайка» против других автоботов
Мегатрон построил аппарат, позволяющий добывать энергию непосредственно из солнечного ядра — «солнечный шприц», основным компонентом которого является уникальная микросхема, изъятая у автобота Привода. Без этой микросхемы ворчливый и вечно всем недовольный Привод становится приветливым и дружелюбным, но Солнечная система оказывается на грани гибели
Десептиконы перестраивают центр Нью-Йорка на свой лад, превратив его в мощную стальную крепость — Новый Кибертрон. Оптимус Прайм схвачен Конструктиконами и по приказу Мегатрона разобран на части. Перед автоботами встаёт нелёгкая задача — восстановить своего командира и спасти город
Мегатрон устанавливает в зарядное устройство автоботов «дестабилизатор личности». Его влияние делает всех автоботов, включая самого Оптимуса Прайма, злобными и агрессивными, и только благодаря сконструированному Факелом Уитвики «перевоспитателю» — прибору, нейтрализующему действие «дестабилизатора», — они вновь становятся сами собой.
После того, как десептиконы стащили из научно-исследовательской лаборатории электроблоки — необычайно мощные конденсаторы электроэнергии, на Миража падает подозрение в сообщничестве. Скалолаз считает своим святым долгом выследить и уличить изменника
Придуманный Гонщиком блокиратор — прибор, излучение которого замораживает всё, на что оно направлено, — во время испытаний попадает в руки десептиконов. Броневик винит в этом себя и делает всё возможное, чтобы вернуть блокиратор «законным владельцам». Ему помогает новая знакомая — храбрая земная девочка Карли
Организованные автоботами благотворительные гонки заканчиваются весьма неожиданно: с помощью нового изобретения Конструктиконов — «трансфиксатрона» — Мегатрон лишает участников гонок возможности трансформироваться. Вынужденные оставаться автомобилями, они безоружны и оказываются в полной власти лидера десептиконов. Их дальнейшая судьба целиком зависит от того, успеют ли оставшиеся на свободе товарищи создать устройство, способное преодолеть воздействие «трансфиксатрона»
Мегатрон заключает соглашение с гуманоидом Нергиллом — королём подводного города Субатлантики. Десептиконы и атланты организуют совместную атаку на Вашингтон. Но союзники не доверяют друг другу, каждый хочет перехитрить другого и использовать его в своих целях, мечтая править миром единолично
Самый мощный компьютер на Земле — «Торк III» — «обработанный» Мегатроном, перестаёт подчиняться людям и начинает жить самостоятельной жизнью; целая армия подвластных ему танков, самоходных орудий и роботов защищает его, и Оптимусу Прайму лишь с помощью Диноботов удаётся подавить их сопротивление и вернуть взбунтовавшийся супер-компьютер в нормальное состояние.
Робот-ниндзя по имени Голубка, изобретённый людьми и перепрограммированный десептиконами, похищает с базы автоботов микрочип, содержащий сведения обо всех энергоресурсах Земли. Ловкость, сила и боевое искусство Голубки производят такое впечатление на Мегатрона, что тот даже подумывает сделать её своим заместителем вместо Скандалиста. Угроза потерять свой статус толкает Скандалиста на рискованный шаг