Старшеклассник Мочизуки Котаро незаметен среди сверстников и симпатичен только немногим близким друзьям. Однажды в библиотеке он знакомится с таинственной женщиной Химикой, которая настоятельно рекомендует ему прочесть книгу о самурае времён эпохи Сенгоку, прославившегося отвагой и верностью долгу 400 лет назад. Оказывается, у них много общего! Более того, отец утверждает, что Котаро является прямым потомком древнего воина. Вскоре у героя сериала «Самурай» — старшеклассник» появляется возможность проверить свои способности на практике. Друг детства Которо сообщает ему, что их одноклассник Накамура Тсуиоши в беде.