Главный герой сериала «Операция «Кукловод» — майор ФСБ Иван Королёв. Проводя важную операцию по захвату оружейного барона, его группа попала в засаду. Из-за тяжелейшего ранения Королёв решает найти себе более спокойную и тихую работу — он переводится в специальный отдел, который занимается преимущественно аналитическими разработками. Так ему сообщило начальство. Но, как оказалось, спокойной жизни снова не будет. Иван с уже новыми коллегами оказывается в самой гуще событий. Виной всему — давний враг России — Перецкий.
Перецкий, заработавший баснословные капиталы на родине, но вынужденный бежать за рубеж, не оставляет надежд поквитаться и со страной, и со своими недругами. И среди личных обидчиков первым номером числится Иван Королёв. Ведь именно он сорвал нелегальную сделку по продаже большой партии оружия террористам.