Никита ложно обвинена в жестоком хладнокровном убийстве, внезапно из тюрьмы её берут на подготовку в секретный 1 отдел по борьбе с терроризмом, её прежняя жизнь уничтожена, в ней она покоится с миром, теперь у нее один путь-стать хладнокровным очаровательным убийцей, но времени на подготовку мало, а начальство торопит и грозится расправой! И тогда Майкл приглашает её в дорогой ресторан.
Выполняя задание повышенной секретности Никита встречает школьную подругу, которая её сразу узнает, с этой секунды жизнь подруги в опасности, т.к. отдел не потерпит рассекречивания, Никита обещает во что бы то ни стало защитить девушку, уверяя её, а скорее себя: «Что бы не случилось, ты-это ты!» Да вот только её подруга детства не так проста, и Никита осознает, что у нее теперь новая жизнь и друзья
Очередное задание — уничтожить забытую организацию «стеклянный занавес», вновь начавшую вербовку террористов. Майклу не удается сдержать эмоций, ведь они 3 года назад убили его жену-шпионку. Никита внедряется в их базу с приказом «уничтожить», но внезапно задание меняется.
Легко стать в наше время Золушкой, если спасти жизнь принцу, а к красивой жизни так легко привыкнуть: яхты, дорогие рестораны, изысканные гости... Только вот если это — очередное задание, можно ожидать чего угодно, к примеру, что карета превратится в тыкву, а принц в злодея.
Новое задание Никиты заставляет её притворяться давно потерянной дочерью женщины, некрасиво играть на чувствах матери, но ещё более некрасиво подпольно торговать оружием.
На оперативном совещании Мэдлин и один из оперативников говорят о террористе по имени Перри Бауэр, котрый распространяет смертельно опасный Л-вирус на основе паралитического газа, симптомами которого являются чёрные глаза и ногти. Чтобы подобраться к нему, Майкл и Никита сыграют супругов Питера и Сэйдж, на этом задании они выкладываются изо всех сил, стараясь спасти всех людей.
ЦРУ обращается к Первому отделу с просьбой «депортировать» из США человека по имени Субо — бывшего диссидента, сбежавшего из свой страны после переворота. ЦРУ поддерживало его за антитеррористическую деятельность, но тот вышел из-под контроля и оказался замешан в убийствах, торговле наркотиками и скупке урана. Во время миссии отдел сталкивается с непредвиденными трудностями: преступник каким-то образом узнает о готовящемся нападении и оперативники попадают в ловушку.
Никита знакомится с человеком, разработавшим вирус для уничтожения личного профиля сотрудника в базе Отдела, что должно стать ключом к свободе, возможности покинуть Отдел навсегда. Вновь и вновь вынужденная мириться с грязными методами Отдела, с гибелью невинных людей, с тотальным контролем, Никита задумывается о побеге. В то же время Майкл внезапно начинает проявлять свои чувства и пытается сблизиться с ней. Теперь Никита должна выбирать между ним и свободой.
База данных Отдела, директория, украдена. Преступник, угрожая продать информацию одной из самых влиятельных террористических групп, вынуждает Отдел выкупить ее. Но вернуть директорию не удается — незадачливого торговца убивают разочарованные террористы. Не имея возможности ликвидировать утечку информации, Отдел решает покончить с террористической группой.
Отношения Никиты и Грея развиваются, однако Отдел не приветствует ситуации такого рода. Сложно поддерживать отношения, основанные на недомолвках, и оставаться на хорошем счету в Отделе, балансируя на краю дозволенного, а Майкл, кажется, нарочно пытается усложнить все еще больше. Нельзя всегда получать то, что хочешь, и Никита должна сделать выбор. На кону жизнь Грея.