Юный Майк Блодер вместе со своей мамой, известным океанологом, переезжают жить на остров во Флориде, где расположена научно-исследовательская станция. Только оказывается, что Майку там совершенно нечем заняться. У Майка нет здесь друзей, и пока он бродит по берегу в одиночестве, мама проводит ряд экспериментов над дельфинами. Одним из её подопечных становится невероятно смышлёный дельфин Флиппер. Так случилось, что вместе с ним Майк попадает в непростую ситуацию, из которой им приходится выбираться общими усилиями. С тех пор мальчик понял, что дельфин стал ему настоящим, верным другом. А немногим позже Майк знакомится с девочкой по имени Майя. Героям предстоит распутать не одно странное происшествие на острове.
Сериал «Флиппер» является ремейком одноимённого популярного в США телешоу, выходившего на канале NBC в 1960-е годы.