Кларк возвращается в Смолвиль, перепрогамированный в Кал-Эла. Полный решимости исполнить своё предназначение, Кал-Эл летит к небу, чтобы украсть мощный кристалл с Криптона. Тем временем Лоис Лейн приезжает в город, чтобы расследовать убийство своей кузины Хлои. Также Лана возвращается из Парижа с новыми планами и новым бойфрендом. Джонатан находится в коме. Лайонел сталкивается с новой страшной жизнью в тюрьме.
Кларк и Лоис расследуют мнимое убийство Хлои, но их останавливает армейский офицер, Генерал Сэм Лейн — отец Лоис. Кларк узнаёт, что Сэм недавно общался с Лексом. Джейсон приезжает из Парижа и уверяет Лану в необходимости продолжения их отношений. Подозревая, что Хлоя всё ещё жива, Лайонел отправляет наёмного убийцу со способностью преобразовывать свои конечности в металлическое оружие, чтобы Хлоя не смогла дать показания против него.
Кларк встречает нового противника в лице стеснительной ученицы, которая обращается к пластическому хирургу, чтобы улучшить свою внешность и поднять свою популярность. Криптонит улучшает красоту, но это наносит ущерб тем кого она целует. Тем временем Джейсон и Лана продолжают скрывать их взаимоотношения от Кларка.
Кларк вступает в школьную футбольную команду и немедленно занимает позицию защитника после того, как предыдущий защитник провоцирует драку с новым тренером Джейсоном. Заинтересовавшиеся измененеиями в поведении своего бывшего партнера по команде, Кларк и Лоис начинают расследование и узнают, что группа поддержки отравляет питьевую воду для команды криптонитом.
После кражи бумажника Джонатана, Кларк использует суперскорость, чтобы догнать вора. Однако похититель ускользает от Кларка со скоростью, превосходящей скорость Кларка. Барт, известный также по кличке Флэш, позже появляется на ферме и пытается поговорить с Кларком и убедить его оставить Смолвиль для того, чтобы жить в дороге использовать их суперсилу. Тем временем Лекс покупает бесценный заключенный в раму манускрипт с Криптоническими символами. Кларк узнаёт, что в карте спрятано что-то таинственное.
Кларк слышит мощный звенящий звук, который исходит из тюрьмы, где находится Лайонел. Когда он видит Лайонела, пытающего нанести удар Лексу с помощью пылающего камня, он пытается схватить камень, в результате чего Кларк и Лайонел меняются телами. Лайонел понимает, что его новое тело обладает суперсилой. Пойманный в ловушку за решёткой без своей силы, Кларк должен найти выход, чтобы заполучить своё тело и силу обратно.
Хлоя вовлечена в подпольный азартный клуб в школе со студентом Микеллом Миксэлпитэлеком и теряет все свои сбережения во время футбольного матча, после того как Микел использует свои силы для контроля всех игроков, включая Кларка. Когда Хлоя узнает секрет Микела, он похищает её и угрожает убить, если Кларк не проиграет игру. Лекс угрожает Микелу депортацией, если тот не использует свои силы в пользу Лекса.
После того как Лана прикасается к кровавому следу в книге 1600 года, она, Лоис и Хлоя становятся одержимы ведьмами, которые были сожжены заживо. Три ведьмы вернулись, чтобы добиться отмщения и найти мощные криптонические кристаллы, нанося вред и ущерб в городе. Кларк пытается остановить ведьм, но они лишают его силы и заставляют раскрыть место положение кристала, который он спрятал в пещере.
После того как Лекс обвинен в убийстве, Кларк намеревается доказать его невиновность. Клянясь, что он изменился, Лайонел предлагает Кларку проникнуть в суть преступления, но он требует кое-что взамен. Тем временем Лана встречает мать Джейсона и видит яркое воспоминание происшествия в Париже, подтверждающий своё подозрение, что она была там, когда у Ланы появилась татуировка.
Тайный эксперимент Лекса в ЛюторКорп принимает скверный оборот и опасный токсин попадает в Смолвиль. Те кто инфицированы токсином, включая Кларка, Лану, Лекса и Джейсона, воображают, что их самые страшные страхи становятся правдой и затем впадают в кому. Отчаявшись найти лекарство, Кларк предлагает немного своей крови Лексу.