Кларк спасает Лану, укрывая ее своим телом, после того, как ее машину унесло в воронку смерча. Роджер Никсон и Джонатон погребены в свинцовом склепе старой церкви. Лекс спасает отца, который находиться в критическом положении. Когда Кларк возвращается, он видит, что космический корабль пропал. Кларк вместе с Лексом ищет отца, он узнает, что Лекс и Никсон связаны. Хлоя сообщает Кларку, что они должны остаться друзями. Кларк находит отца, в склепе валяются осколки метеоритп. Никсон использует один из них против Кларка. Когда он собирается убить Джонатона, Лекс приходит на помощь — он стреляет в Никсона. Лекс соглашается на операцию отца, которая приводит к слепоте Лайнела. На кукурузном поле лежит космический корабль...
Прошло три месяца с момента урагана. У Кларка проявляется новая сила, он может создавать огонь и нагревать предметы при помощи глаз. Лекс женится на новой учительнице биологии в школе Смолвиля — Дезире Аткинс. Кларк — шафер на их свадьбе. Дезире безуспешно пытается использовать свою феромоновую силу на Кларке. И тогда Дезире решает настроить Лекса против Кларка и его друзей. Она поджигает свой автомобиль, и обвиняет в этом Кларка, которого отправляют в тюрьму. Джонатон попадает под влияние Дезире, и пытается убить Лекса. Кларк убегает из тюрьмы и спасает Лекса.
У Доктора Хамильтона проблемы со здоровьем — сильная дрожь руки. Лекс решает уволить его, и советует отправиться к врачу. Доктор становится виновником автомобильной аварии, Пит пытается помочь пострадавшему, после того, как Доктор Хамильтон скрылся. Он находит в поле космический корабль Кларка. Пит приводит к кораблю Кларка, и они прячут его в сарае у Пита. Кларк рассказывает правду о себе Питу, и тот не может его простить за то, что Кларк ему все время врал. Доктор Хамильтон крадет корабль, и пытается найти ключ, для этого он похищает Пита. Кларк успевает спасти Пита, а Доктор Хамильтон погибает от передозировки криптонита. Лана узнает о том, что тетя Нелл собирается снова замуж. Лекс пытается привыкнуть к жизни с отцом.
Кларк решает купить перстень с рубином на школьной распродаже. После этого у Кларка начинаются изменения в его поведении. Позже выясняется, что это не рубин, а красный осколок метеорита. Кларк признается Лане в любви, и начинает вести себя дико, он тратит все сбережения родителей. В школе появляется новенькая Джесси Брукс, чей отец скрывается от программы защиты сведетелей. Кларк подружился с Джесси, и он решает выкрасть дискету у Джесси, чтобы одному завладеть деньгами. Джонатон и Пит используют криптонит, чтобы обессилить Кларка, и разбивают перстень. Лана хочет, чтобы Кларк ей все объяснил, но он этого не делает. Тем временем, у Лекса и его отец происходят постоянные словесные перепалки. Вдохновленный прямотой Кларка, Лекс решает сам командовать парадам. Лайнел не может понять, что произошло в доме, когда там был Кларк, и звучали выстрелы...2002
Во время посещения могилы соих родителей, Лана находит поэму написанную таинственным мальчиком, отец которого держит его как преступника в подвале. Кларк следует за Ланой на кладбище, где этот мальчик, Байрон, появляется снова. После возвращенияобрано к родителям, они заявляют, что Байрон умер много лет тому наза, но скоро выясняется, что на нем проводили опыты, и это финансировалось компанией Лютера. Байрон начинает мутировать в злое существо при появлении солнечного света. Байрон нападает на вертолет Лайнела, Кларк успевает вовремя усети Байрона в тень.
После того как Марта понимает, что ферма находиться в затруднительном финансовом положении, она едет к отцу за помощью. Кларк взволнован предстоящей встречей с дедушкой, но отказ Джонатана от встрече с этим человеком, подталкивает Кларка взять воссоединение семьи в свои рука, но все происходит не так, как планировал Кларк. Тем временем Лана находит старую фотографию, и предполагает, что ее отец все еще может быть жив.
Женщина по имени Рейчел Данлеви утверждает, что является биологической матерью Кларка. Она похищает Лекса и угрожает убить его, если Лайнел не раскроет правду об усыновлении Кларка. Лана находит своего биологического отца, Генри Смола, и хочет выяснить нужна ли она ему. Джонатан рассказывает Кларку, как Лайнел Лютор помог с его усыновлением, и что в замен он попросил уговорить Росса продать свой кукурузный завод. Рейчел видит, как Кларк использует свою силу и понимает, что он не её сын. Лайнел рассказывает Лексу, что он был отцом ещё одного ребенка, но тот умер в младенчестве.
После того как тетя бросила его из-за проблем с деньгами, Райен позвонил Кларку с просьбой о помощи. Кларк освобождает Райана из института Самерхолт, где над ним проводили эксперименты, и привозит его в Смолвиль. Вскоре обнаруживается, что у Райана опухоль мозга и ему осталось жить несколько дней.
Когда Кларк пытается предупредить Лану и Хлою относительно Яна, преуспевающего ученика, который тайно встречается с двумя девушками, но они осознают, что Кларк был прав слишком поздно. Тем временем Лекс теряет терпение, что приводит его на занятия по управлению со злостью, где он встречает интересную новую женщину.
Во время мотогонок Пит и Кларк падают в пещеру и находят два спрятанных совровища — древнюю индийскую рукопись, которая содержит ключ к идентификации Кларка и прекрасную девушку, которая верит, что она его родная душа. Отчавшись сберечь рукопись, Кларк отдает ее отцу и он заручается помощью Лекса, чтобы остановить строительную компанию Лайнела от снесения пещеры.