Жена Тил'ка погибает и Раек, обвинив отца в её гибели, хочет драться против гоа’ улдов. Джек и Саманта запускают рискованную и непроверенную технологию, пытаясь спасти Землю от очередной атаки. В это же время Джонас Квинн пытается доказать, что он достоин того, чтобы стать членом SG-1.
Саманта и Джек на построенном земными учеными корабле попытались отбросить неуправляемые «Звёздные Врата» подальше от Земли. Они отбуксировали их на орбиту и занялись подготовкой червоточины. Тил'к и его сын Райа’к отправились уничтожать оружие Анубиса и попали к нему в плен.
На орбите Земли появляется заброшенный корабль гоа’ улдов. SG-1 и Джейкоб Картер отправляются туда, для исследований. Однако, в результате непредвиденных обстоятельств, SG-1 теряет управление кораблём, и космическое судно падает в океан.
Работая на месте обнаружения вторых «Врат» в Антарктиде, группа учёных находит под слоем льда женщину, которой около миллиона лет. SG-1 отправляются туда для исследований, однако вскоре оказываются заражены непонятной болезнью.
Картер, Тил'к и Джонас узнают, что смерть земных учёных имеет какое-то отношение к гоа’ улдам, они находят маленький город, жители которого являются частью секретного эксперимента.
Джек и его симбиот ток'ра спасаются от преследования. Симбиот выскочил изо рта Джека, а Джек попал в плен к гоа’ улдуБа’ алу. Джек не посвящен в планы ток'ра, но Ба’ ал, желая узнать их замыслы, отказался поверить в неосведомленность О’ Нилла, и теперь Джека, после каждого «разговора» с Балом, оживляет саркофаг.
Люди Джонаса, просят Землю о помощи в борьбе против врагов их планеты. Они хотят использовать оружие массового поражения. SG-1 старается их удержать от этого.
SG-1 взяты в плен гоа’ улдами. Группа учёных пытается организовать спасательную операцию.
Очередной переезд ток'ра на новую базу. Заминка в пути обнажила давние противоречия между джаффа и ток'ра. Джаффа не смирились с паразитизмом ток’ ра, а те, в свою очередь, не приняли воинов джаффа, как равных. Убийство одного из ток'ра и одного джаффа поставило отношения союзников на грань разрыва.
SG-1 попадает в мир, где люди с помощью специального лекарства живут без болезней. Но цена такого лекарства велика — они использую королеву гоа’ улдов для добычи основного ингредиента панацеи.