В этой серии показано развитие событий прошлого сезона. Чин Хо Келли должен одновременно спасти свою жену Малию и свою кузину Коно, похищенных Фрэнком Делано. Стив МакГаррет находит свою мать и выясняет, что она и есть «Шелборн». Фрэнк Делано устраивает Во Фату побег и рассказывает ему о местонахождении «Шелборна». На улицах Гонолулу звучат выстрелы, но Дэнно всё равно не хочет уезжать в Лас-Вегас и готов встретиться со своей бывшей женой в суде, чтобы обсудить изменение условий опеки над Грейс.
Похороны Малии Келли проходят по традиционному гавайскому обряду. Сразу же после этого Отдел 5.0 вызывают на место преступления: совершено дерзкое ограбление картинной галереи, есть заложники. Владелец галереи утверждает, что украдены только малоценные литографии. В процессе расследования Стив и Дэнни обращаются за консультацией к старому преступнику Августу Марчу (который уже появлялся во втором сезоне). Пока Марч водит Отдел 5.0 за нос, число жертв продолжает увеличиваться. В итоге полиция раскрывает преступления Марча, а одну из заложниц удаётся спасти. Тем временем, Стив просит Кэтрин выяснить «по своим каналам», где может скрываться его мать. Кэтрин выполняет просьбу и результат очень удивляет Стива.
Стив и Дэнни отправляются на океанскую рыбалку, чтобы поймать тунца, но подвергаются вооружённому нападению. Оставшись в открытом океане среди акул, в дырявой шлюпке без мотора, МакГаррет не теряет самообладания. На берегу Кэтрин обеспокоена отсутствием Стива, Чин и Коно помогают ей найти лодку, на которой уплыли Стив и Дэнни. На лодке обнаружена окровавленная одежда и Отдел 5.0 начинает расследование. Тем временем Стив и Дэнни в океане обнаруживают чужую лодку и труп, а их самих находит береговая охрана. Логически связав нападавшего и труп, полиция отправляется к семье жертвы. Отдел 5.0 успешно раскрывает преступление, а Камекона готовит для них тунца, пойманного Дэнни.
Профессиональный игрок в поло найден обезглавленным. К удивлению Стива, он воссоединяется с матерью. Дорис раскрывает семейную тайну.
В ночь под 31 октября ДТП приводит к двум пропавшим жертвам, которые, по предположению отряда 5.0, могут стать невольными участниками ритуальных убийств на Хэллоуин. МакГаррет знакомит Кэтрин с ежегодными традициями Хэллоуина. Камекона, Грейс и Дэнно показываются в своих хэллоуинских костюмах.
Отряд 5.0 выходит на группу террористов, готовящих крупный теракт на острове. МакГаррету и Дэнни удалось поймать их главаря, но в результате погони Дэнни сталкивается лицом к лицу с преступником, у которого в руках мощная бомба с датчиком движения, он вынужден стоять, не двигаясь. Чтобы отвлечь Дэнни, МакГаррет просит его рассказать о том дне, который изменил его жизнь, чудом избежав смерти, расследуя дело о наркотиках в Нью-Джерси более десяти лет назад.
Подросток, а также опытный компьютерный хакер, выпущен из тюрьмы для несовершеннолетних и сразу же похищен. Мэрри Энн прилетает на остров с компаньоном «в свите» - она вновь сменила профессию, но не желает видеть мать. Дорис осознает, какую сильную эмоциональную травму она нанесла дочери, подстроив свою смерть.
Доверяя инстинктам, МакГаррет одержим доказать вину психиатра-манипулятора, потенциально ответственного за страшную смерть одного из своих пациентов, хотя нет никаких доказательств ее причастности к убийству. После взлома аккаунта бывшего коллеги, сейчас уже отстраненного агента Ченнинга, для получения информации по местонахождению Дорис, Кэтрин вынуждена противостоять ему. Дорис грозит опасность, когда один из объектов ее убийств, считавшийся мертвым, оказывается жив, и он возвращается на Гавайи, пылающий жаждой отомстить.
Отряд 5.0 берется за два дела одновременно: Дэнни расследует дело о преследователе после того, как одна из моделей, рекламирующих женское нижнее белье, получает письмо с угрозами. А МакГаррет, Чин Хо и Коно расследуют ограбление банка, где украденная сумма денег довольно невелика и впоследствии без труда найдена. Макс идет на свидание при очень необычных обстоятельствах.
МакГаррет и Дэнни сопровождают в походе группу девочек-скаутов, среди которых и Грейс. Они натыкаются на раненого туриста, который впоследствии стреляет в Дэнни, берет Стива и одну из девочек в заложники для того, чтобы найти что-то в джунглях. Коно встречает недавно выпущенного из тюрьмы брата Адама Нашимури, отсидевшего десять лет за убийство, который не сильно в восторге от планов брата.